1.  ต้มกระดูกหมูในน้ำเดือด ใส่ตับ

เริ่มต้นสูตรก๋วยเตี๋ยวหมูน้ำตกด้วยการล้างกระดูกหมูให้สะอาด ใช้น้ำเย็นล้างหลาย ๆ ครั้ง จากนั้นนำกระดูกหมูใส่ลงในหม้อขนาดใหญ่ เติมน้ำสะอาดลงไปให้ท่วมกระดูกประมาณ 2 นิ้ว ตั้งไฟแรงให้เดือดเมื่อน้ำเริ่มเดือด ให้ใช้ทัพพีตักฟองที่ลอยขึ้นมาทิ้ง เพื่อให้น้ำซุปใสไม่ขุ่น 
จากนั้นลดไฟลงเป็นไฟปานกลาง ต้มต่อไปประมาณ 30 นาที
ในระหว่างนี้ ให้เตรียมตับหมูโดยล้างให้สะอาด หั่นเป็นชิ้นบาง ๆ แช่ในน้ำเกลือเพื่อดับกลิ่นคาวประมาณ 10 นาที จากนั้นล้างน้ำให้สะอาดอีกครั้ง แล้วใส่ตับหมูที่เตรียมไว้ลงไปในหม้อ ต้มต่อไปอีก 5-10 นาที
เคล็ดลับ : การแช่ตับหมูในน้ำเกลือจะช่วยลดกลิ่นคาวและทำให้เนื้อตับนุ่มขึ้น นอกจากนี้ การเลือกใช้กระดูกหมูที่มีเนื้อติดอยู่บ้างจะช่วยให้น้ำซุปมีรสชาติกลมกล่อมและเข้มข้นมากขึ้น

 2.  ปรุงรสด้วยเครื่องปรุงและเครื่องเทศ คนให้เข้ากัน

ในขั้นตอนนี้ เราจะเริ่มเพิ่มรสชาติให้กับน้ำซุปของเรา เริ่มจากการใส่เครื่องปรุงพื้นฐาน ได้แก่ เต้าเจี้ยว 2 ช้อนโต๊ะ เต้าหู้ยี้ 2 ก้อนที่บดละเอียดแล้ว น้ำกระเทียมดอง 2 ช้อนโต๊ะ ซีอิ๊วขาว 3 ช้อนโต๊ะ ซอสปรุงรสฝาเขียว 2 ช้อนโต๊ะ และซีอิ๊วดำหวาน 1 ช้อนโต๊ะ คนให้เข้ากัน
ต่อมาใส่เครื่องเทศลงไป ได้แก่ ข่าป่น 1 ช้อนชา อบเชยป่น 1/2 ช้อนชา โป๊ยกั๊กป่น 1/4 ช้อนชา ผงพะโล้ 1 ช้อนชา ช่วงเจียป่น 1/2 ช้อนชา ลูกผักชีป่น 1/2 ช้อนชา และพริกไทยป่น 1 ช้อนชา คนให้ละลายเข้ากับน้ำซุป

 3.  เพิ่มสมุนไพรและผัก ปรุงรสด้วยน้ำตาลและกะทิ

ในขั้นตอนนี้ เราจะเพิ่มความหอมและรสชาติให้กับน้ำซุปด้วยสมุนไพรและผัก เริ่มจากการใส่ข่าแก่ที่หั่นเป็นแว่นบาง ๆ 4-5 แว่น ตะไคร้ทุบพอแตก 2 ต้น รากผักชีทุบ 3 ราก กระเทียมทุบทั้งเปลือก 5-6 กลีบ และใบเตย 3 ใบ ลงไปในหม้อน้ำซุป
ต่อมา เพิ่มรสหวานด้วยน้ำตาลกรวด 30 กรัม และน้ำตาลมะพร้าว 30 กรัม คนให้ละลาย จากนั้นใส่น้ำกะทิ 1/2 ถ้วยลงไปเพื่อเพิ่มความมันและกลมกล่อม คนให้เข้ากัน เพิ่มผักลงไป โดยใส่หัวไชเท้าหั่นเป็นชิ้นบาง ๆ 100 กรัม และหอมใหญ่หั่นสี่เหลี่ยมลูกเต๋า 1 หัวลงไป
เคล็ดลับ : การมัดสมุนไพรรวมกันด้วยเชือกก่อนใส่ลงไปในน้ำซุปจะช่วยให้ตักออกได้ง่ายเมื่อปรุงเสร็จ ส่วนการใช้น้ำตาลมะพร้าวแท้จะให้กลิ่นหอมและรสชาติที่ดีกว่าน้ำตาลทรายธรรมดา

 4.  ใส่เลือดหมู เพิ่มอายิโนะโมะโต๊ะ พลัส เคี่ยว 2 ชั่วโมง

เมื่อน้ำซุปเริ่มมีกลิ่นหอมและรสชาติดีแล้ว ให้เตรียมเลือดหมูสด 2 ถ้วยตวง ค่อย ๆ เทลงในหม้อน้ำซุปที่กำลังเดือด คนเบา ๆ ให้เลือดกระจายตัว ใส่ อายิโนะโมะโต๊ะ พลัส ลงไป 2 ช้อนโต๊ะ เพื่อเพิ่มความกลมกล่อมให้น้ำซุป เพื่อช่วยเพิ่มรสอูมามิโดยไม่ต้องใช้ผงชูรสมากเกินไป 
จากนั้น เคี่ยวน้ำซุปด้วยไฟอ่อนต่อไปอีกประมาณ 2 ชั่วโมง คอยช้อนฟองและไขมันที่ลอยขึ้นมาทิ้งเป็นระยะ เพื่อให้น้ำซุปใสและสะอาด ระหว่างนี้ให้คอยชิมรสชาติน้ำซุปก๋วยเตี๋ยวน้ำตกและปรับปรุงตามต้องการ
เคล็ดลับ : การเคี่ยวน้ำซุปด้วยไฟอ่อนเป็นเวลานานจะช่วยให้รสชาติของเครื่องเทศและสมุนไพร ออกมาอย่างเต็มที่ และทำให้เนื้อกระดูกนุ่ม

 5.  ลวกเส้น เนื้อ ลูกชิ้น จัดใส่ชาม

ในระหว่างที่น้ำซุปกำลังเคี่ยวอยู่ เราสามารถเตรียมส่วนประกอบอื่น ๆ ได้ เริ่มจากการเตรียมเนื้อหมู โดยเลือกเนื้อสันคอหรือสันนอก หั่นเป็นชิ้นบาง ๆ นำมาหมักด้วยซีอิ๊วขาว 1 ช้อนโต๊ะ พริกไทย 1/4 ช้อนชา จากนั้นคลุกเคล้าให้เข้ากัน พักไว้อย่างน้อย 15 นาที
ตั้งหม้อน้ำสะอาดอีกใบให้เดือดสำหรับลวกเส้นและเครื่องก๋วยเตี๋ยวน้ำตกเริ่มจากการลวกเส้นก๋วยเตี๋ยว โดยนำเส้นใส่ในตะแกรงหรือกระชอน แช่ลงในน้ำเดือดประมาณ 30 วินาที หรือจนเส้นนุ่มตามต้องการ ตักขึ้นและสะเด็ดน้ำให้แห้ง ใส่เส้นก๋วยเตี๋ยวที่ลวกแล้วลงในชาม ราดด้วยน้ำมันงาเล็กน้อยเพื่อไม่ให้เส้นติดกัน
นำเนื้อหมูที่หมักไว้มาลวกในน้ำเดือดจนสุกพอดี จากนั้นตักขึ้นใส่ในชามก๋วยเตี๋ยว ตามด้วยการลวกลูกชิ้นหมูในน้ำเดือดจนสุกและลอยขึ้นมา ตักใส่ในชามเช่นกัน ลวกผักเพิ่มเติม เช่น ถั่วงอกและผักบุ้งในน้ำเดือดเพียงแค่พอสุก ประมาณ 30 วินาที ตักขึ้นและจัดใส่ในชามก๋วยเตี๋ยว

 6.  ราดน้ำซุป โรยหน้า เสิร์ฟพร้อมเครื่องปรุง

เมื่อน้ำซุปเคี่ยวได้ที่แล้ว ให้ตักน้ำซุปที่ร้อนจัดราดลงในชามก๋วยเตี๋ยวให้ท่วมเส้นและเครื่อง ปริมาณน้ำซุปควรพอดีกับปริมาณเส้นและเครื่อง ไม่มากหรือน้อยจนเกินไป โรยหน้าด้วยต้นหอมซอยและผักชีสับละเอียด เพิ่มความกรอบด้วยกระเทียมเจียวที่เตรียมไว้ หากชอบความเผ็ด สามารถโรยพริกป่นเล็กน้อยบนหน้าก๋วยเตี๋ยวได้
เตรียมเครื่องปรุงเพิ่มเติมใส่ถ้วยเล็ก ๆ เสิร์ฟพร้อมกับชามก๋วยเตี๋ยว ได้แก่ พริกป่น น้ำตาล และน้ำส้มสายชู สำหรับให้ผู้ทานปรุงรสเพิ่มเติมตามชอบ นอกจากนี้ยังสามารถเตรียมพริกน้ำส้มไว้เป็นน้ำจิ้มเพิ่มรสชาติได้อีกด้วย เสิร์ฟก๋วยเตี๋ยวน้ำตกขณะที่ยังร้อนอยู่ เพื่อให้ได้รสชาติที่ดีที่สุด พร้อมกับเครื่องเคียงอื่น ๆ เช่น ถั่วงอกดิบ ใบโหระพา หรือผักสดตามชอบ