1.  นำส่วนผสมของเครื่องพริกแกงโขลกรวมกันจนละเอียด โดยใส่กะปิท้ายสุดลงไปโขลกจนส่วนผสมเข้ากันดี

น้ำยาปลาช่อนคือหัวใจของขนมจีนน้ำยาปลาช่อน ดังนั้นจึงควรเริ่มจากนำเครื่องพริกแกงสำหรับน้ำยาปลาช่อน เช่น พริกแห้ง หอมแดง กระเทียม ข่า ตะไคร้ และรากผักชี มาโขลกรวมกันในครกจนละเอียดและเนื้อเนียน โขลกจนกว่าจะได้กลิ่นที่หอมและละเอียด ให้คุณเติมกะปิเป็นขั้นตอนสุดท้าย โขลกต่อจนกะปิเข้ากับเครื่องแกงอย่างดี

เคล็ดลับ
•    เลือกพริกแห้งที่สดใหม่: ควรเลือกใช้พริกแห้งที่มีสีแดงสดและไม่ชื้น เพื่อให้ได้รสชาติที่เข้มข้นและสีสันสวยงาม
•    โขลกทีละส่วน: หากมีเครื่องพริกแกงหลายอย่าง ให้โขลกทีละส่วน เช่น โขลกพริกและกระเทียมก่อน แล้วค่อยเติมหอมแดงและสมุนไพร เพื่อให้ได้เนื้อที่ละเอียดและกลมกลืน
 

 2.  นำปลาช่อนต้มสุกแกะเอาเฉพาะเนื้อ โขลกรวมกับเครื่องพริกแกงที่เตรียมไว้

หลังจากที่ได้เครื่องปรุงน้ำยาปลาช่อนแล้ว จากนั้นนำเนื้อปลาที่ผ่านการต้มแล้ว มาแกะออกจากก้างและหนัง โดยคัดเฉพาะเนื้อปลาที่นุ่มและมีสีขาวสะอาด นำเนื้อปลาช่อนที่ได้มาผสมกับเครื่องพริกแกงที่เตรียมไว้ในครก ใช้สากโขลกเบา ๆ จนส่วนผสมเข้ากันดี
เคล็ดลับ: ควรต้มปลาช่อนในน้ำที่มีการปรุงรสเล็กน้อย เช่น เกลือและใบมะกรูด เพื่อเพิ่มรสชาติให้กับเนื้อปลา

 3.  ช้อนหัวกะทิ ½ ถ้วยตวง ใส่หม้อ ตั้งไฟเคี่ยวให้แตกมัน จากนั้นนำเนื้อปลาและพริกแกงที่โขลกลงผัด

ในส่วนน้ำยากะทิ ปลาช่อน เริ่มจากการช้อนหัวกะทิ ½ ถ้วยตวง ใส่ลงในหม้อและตั้งไฟในระดับกลาง เคี่ยวกะทิจนเริ่มแตกมัน ซึ่งหมายความว่าชั้นน้ำมันจากกะทิจะเริ่มแยกออกมาและลอยอยู่ด้านบน หลังจากนั้นให้นำเนื้อปลาช่อนที่โขลกรวมกับพริกแกงลงไปผัดในกะทิที่เคี่ยวจนเข้ากันดี

เคล็ดลับ
•    ควบคุมอุณหภูมิ: ควรตั้งไฟในระดับกลาง เพื่อป้องกันไม่ให้กะทิไหม้หรือแตกมันเร็วเกินไป การเคี่ยวอย่างช้า ๆ จะช่วยให้ได้ความมันที่เข้ากันดี
•    เคี่ยวจนแตกมัน: สังเกตให้กะทิเริ่มมีน้ำมันลอยขึ้นด้านบน ซึ่งเป็นสัญญาณที่บอกว่ากะทิเข้มข้นและพร้อมสำหรับการผัด

 4.  ใส่นํ้าปลา นํ้าตาล รสดี รสหมู สูตรลดโซเดียม และกะทิส่วนที่เหลือ ต้มต่อให้เดือด ยกลงราดด้วยหัวกะทิที่เหลือ

หลังจากผัดเนื้อปลากับเครื่องพริกแกงจนเข้ากันดีแล้ว ให้นำส่วนผสมของน้ำปลา น้ำตาล และรสดี รสหมู สูตรลดโซเดียมใส่ลงไปในหม้อ พร้อมกับกะทิส่วนที่เหลือ ใช้ไฟปานกลางและคนให้เข้ากันดี จากนั้นต้มน้ำยาจนเดือดเพื่อให้ส่วนผสมทั้งหมดได้ซึมซับรสชาติที่กลมกล่อมและมีความหอมหวานของกะทิในน้ำยาปลาช่อน หรือน้ำยากะทิ ปลาช่อน ซึ่งโดยการราดหัวกะทิบนสุดจะช่วยเสริมความสวยงามและให้กลิ่นหอมที่ดึงดูดใจมากยิ่งขึ้นให้กับเมนูนี้

 5.  จัดเสิร์ฟขณะนํ้ายากำลังร้อนๆ โดยใส่ขนมจีน ในจานแบน ตักนํ้าแกงราดด้านหน้า พร้อมจัดวางผักเคียงต่างๆ ไว้ข้างจาน หรือจัดแยกผักอีกจานหนึ่ง

สำหรับขนมจีนน้ำยาปลาช่อน ควรจัดจานขนมจีนในจานแบนให้สวยงาม ใส่ขนมจีนไว้ตรงกลางจาน จากนั้นตักน้ำแกงร้อน ๆ ราดลงไปด้านหน้า จากนั้นจัดเรียงให้ดูน่าสนใจ โดยสามารถเลือกใส่ผักเคียง เช่น ถั่วฝักยาว, แตงกวา, และผักบุ้ง ไว้ข้างจาน หรือถ้าต้องการความสะดวก สามารถจัดผักแยกใส่จานอีกใบเพื่อให้ผู้รับประทานสามารถเลือกได้ตามชอบ